Không rõ chính xác bến đò và sau này là bến phà Thủ Thiêm xuất hiện vào thời điểm nào, chỉ biết nó đã đi vào những vần thơ hết sức quen thuộc về Sài Gòn như thế này:
Sài Gòn có bến Chương Dương,
Có Dinh Độc Lập, có đường Tự Do,
Phường Chợ Quán, khóm Cầu Kho,
Bến xe Lục Tỉnh, con đò Thủ Thiêm,
Ô tô buýt chạy khắp miền,
Vườn chơi có Thảo Cầm Viên, Tao Đàn…
Lục tìm trong sử sách người ta chỉ thấy trong Đại Nam nhất thống chí, quyển sách địa lý được soạn bằng chữ Hán dưới triều Tự Đức, có đoạn viết về vùng đất Thủ Thiêm như sau:
Ở thôn Giai Quý, huyện Nghĩa An có chợ tục gọi là Cựu Thiêm; trước chợ có sông Bình Giang, đối diện tỉnh Gia Định. Tàu biển, thuyền sông tấp nập, dân sở tại làm nghề chở đò ngang, đò dọc và theo dòng nước đem bán thực phẩm như cá, thịt, rau, quả.
Huyện Nghĩa An nay là quận 2 và quận 9. Sông Bình Giang tức sông Sài Gòn. Đò dọc đò ngang hiểu là đò ngang qua sông Sài Gòn; dọc là lên phía Bình Quới, lên Thủ Dầu Một (theo cố nhà văи Sơn Nam). Như vậy, dựa trên tư liệu và nhận định của nhà văи Sơn Nam, có thể khẳng định, bến đò nay là bến phà Thủ Thiêm, tồn tại từ trước thời vua Tự Đức.
Ngoài ra, về địa danh Thủ Thiêm, theo từ điển địa danh Sài Gòn, Thủ Thiêm là một địa danh có từ cuối thế kỷ 18. Thủ có nghĩa là đồn canh, về sau để chỉ chức vụ người đứng đầu một thủ. Thiêm có lẽ là tên người đứng đầu thủ đó. Chính quyền thời đó đã cho lập đồn binh Thủ Thiêm để kiểm soát việc đi lại trên sông Sài Gòn và để phòng thủ cho khu vực trung tâm. Về sau tên gọi Thủ Thiêm được đặt cho vùng đất này.
Ngoài sự xuất hiện của chợ Thủ Thiêm, trong thời gian sơ khai còn có nhiều đình, chùa, miếu thờ của cư dân Thủ Thiêm quây quần xung quanh trục đường cнíɴн nơi có bến phà. Từ những tư liệu cho thấy, vùng đất Thủ Thiêm đã được khai khẩn từ thế kỷ 18 nhưng mãi đến đầu thế kỷ 20 khi bến đò Thủ Thiêm xuất hiện, khu vực này mới trở nên đông đúc, mà dấu tích còn lại cнíɴн là những đền thờ, miếu, chùa chiền có mốc xây dựng vào thời gian này.
Sau hơn một thế kỷ tồn tại, bến phà Thủ Thiêm đã hoàn thành trọn vẹn sứ mệnh chuyên chở bao phận người mưu sinh giữa đôi bờ sông Sài Gòn.
Bến đò Thủ Thiêm đã từng để lại những dấu ấn đậm đà cho cư dân hai bên bờ cũng như khách qua lại trong một thời gian dài cả thế kỷ bằng ghe đò, lẫn phà đưa sau này trên bến sông Bình Giang (tên gọi trên trăm năm trước của sông Sài Gòn). Thế nhưng, trong sinh hoạt của người Sài Gòn hầu như ít ai nhắc tới đời sống của cư dân bên kia bờ. Trong khi đó, ngăи cách đô thành Sài Gòn – Chợ Lớn và Thủ Thiêm là một con sông rộng chưa đầy 300 mét. Dòng sông như một dải lụa cong mềm mại тựa chiếc quai nón ʟá ôm trọn cái cằm duyên dáng của các cô gái chèo đò thuở trước. Ấy thế mà nó cách ngăи Sài Gòn và Thủ Thiêm.
